Das SOEP begann 1983 unter der Leitung von Prof. Dr. Hans-Jürgen Krupp als Teilprojekt des seit 1979 von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Sonderforschungsbereichs 3 „Mikroanalytische Grundlagen der Gesellschaftspolitik“, der an den Universitäten Frankfurt/Main und Mannheim angesiedelt war.
Krupp gab dem SOEP 1983 eine Heimat am DIW Berlin. Nachdem er das Amt des Wirtschaftssenators der Freien und Hansestadt Hamburg übernommen hatte, wurde 1988 Prof. Dr. Wolfgang Zapf, damals Präsident des Wissenschaftszentrum für Sozialforschung Berlin (WZB), für ein Jahr der wissenschaftliche Leiter des SOEP. 1989 wurde Prof. Dr. Gert G. Wagner, der unter anderem an der Technischen Universität Berlin lehrte, sein Nachfolger. Wagner und seine Kolleginnen und Kollegen entwickelten das SOEP zu einer der wichtigsten sozialwissenschaftlichen Infrastruktureinrichtungen weltweit. Dank seiner Initiative konnten direkt nach dem Fall der Mauer Menschen aus Ostdeutschland und Mitte der 1990er Jahre Aus- und Übersiedler*innen in die Studie einbezogen werden.
Anfang 2011 wurde Gert G. Wagner in den Vorstand des DIW Berlin berufen, dessen Vorsitzender er zwei Jahre lang war. Die Leitung des SOEP übernahmen zunächst Joachim Frick und Jürgen Schupp gemeinsam. Nach dem Tod Joachim Fricks im Dezember 2011 war Jürgen Schupp Leiter, 2013 wurde er Direktor des SOEP und gleichzeitig Professor für Soziologie an der Freien Universität Berlin. Schupp und seine Kolleg*innen etablierten unter anderem erfolgreich ein Innovationspanel, erweiterten die Studie um psychologische Fragestellungen und vernetzten das SOEP verstärkt mit anderen Forschungsdateninfrastrukturen.
Stefan Liebig, Professor für Soziologie an der Universität Bielefeld, löste Anfang 2018 Jürgen Schupp als Direktor der Infrastruktureinrichtung Sozio-oekonomisches Panel ab. Darüber hinaus übernahm er Gert G. Wagners Posten als Vorstandsmitglied des DIW Berlin. Liebig verließ das DIW im Jahr 2022 zugunsten einer Professur an der Freien Universität Berlin. Prof. Dr. Sabine Zinn leitet das SOEP seitdem als kommissarische Direktorin.
Nach Auslaufen der Finanzierung des Teilprojekts B-5 „Das Sozio-ökonomische Panel“ im Rahmen des durch die DFG-geförderten Sonderforschungsbereichs 3 im Jahr 1989 erfolgte die Finanzierung des SOEP von 1990 bis 2002 gemeinsam von BMBF und den Ländern im Rahmen der Bund-Länder-Kommission für Bildungsplanung und Forschungsförderung (BLK), die entsprechende Mittel für das SOEP im Rahmen der DFG-Einzelprojektförderung bereitstellte. Seit 2000 wurden die SOEP-Mittel mit einer Zusatzfinanzierung durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) nochmals aufgestockt. Seit 2003 wird das SOEP als Serviceeinrichtung, die „in erheblichem Umfang wissenschaftliche Infrastrukturaufgaben wahrnimmt“, unter dem Dach der Leibniz-Gemeinschaft durch Mittel des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF) und der Länder institutionell gefördert.
Das SOEP wurde bisher drei Mal vom Wissenschaftsrat begutachtet. 1994 führten die Empfehlungen des Wissenschaftsrates zu der institutionellen Förderung des SOEP als forschungsbasierte Infrastruktureinrichtung sowie unabhängige Einheit im DIW Berlin unter dem Dach der Leibniz-Gemeinschaft. 2009 würdigte der Wissenschaftsrat das Sozio-oekonomische Panel als eine der weltweit wichtigsten Forschungsinfrastrukturen im Bereich der Sozial-, Wirtschafts- und Verhaltenswissenschaften und befürwortete die als innovativ erachteten Ausbaupläne des SOEP sowie der Einrichtung einer SOEP-Innovationsstudie sowohl im Interesse der Grundlagenforschung als auch einer besseren Politikberatung. Im Jahr 2008 erstellte der Wissenschaftsrat ein „Forschungsrating“ in der Soziologie und evaluierte die Forschungsleistungen von 254 einbezogenen Soziologie-Einheiten in Universitäten und außeruniversitären Einrichtungen. Das SOEP schaffte es dabei in die Spitzengruppe der forschungsstärksten Soziologie-Einrichtungen in Deutschland, und der Wissenschaftsrat bewertete die Forschungsqualität des SOEP im DIW Berlin als „exzellent“.
2012 und 2019 wurde das DIW Berlin erfolgreich durch die Leibniz-Gemeinschaft evaluiert. Die „forschungsbasierte Infrastruktureinrichtung SOEP“ wurde dabei jeweils mit der Note „exzellent“ bewertet.
Im Jahr 2024 trauerte das SOEP-Team um zwei wichtige Persönlichkeiten, die die Studie nachhaltig geprägt haben: Sowohl der Gründer Hans-Jürgen Krupp als auch der langjährige SOEP-Direktor Gert G. Wagner verstarben in diesem Jahr.