Das SOEP begann 1983 unter der Leitung von Prof. Dr. Hans-Jürgen Krupp als Teilprojekt des seit 1979 von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Sonderforschungsbereichs 3 „Mikroanalytische Grundlagen der Gesellschaftspolitik", der an den Universitäten Frankfurt/Main und Mannheim angesiedelt war.

Krupp gab dem SOEP 1983 eine Heimat am DIW Berlin. Nachdem er das Amt des Wirtschaftssenators der Freien und Hansestadt Hamburg übernommen hatte, wurde 1988 Prof. Dr. Wolfgang Zapf, damals Präsident des Wissenschaftszentrum für Sozialforschung Berlin (WZB), für ein Jahr der wissenschaftliche Leiter des SOEP. 1989 wurde Prof. Dr. Gert G. Wagner, der unter anderem an der Technischen Universität Berlin lehrte, sein Nachfolger. Wagner und seine Kolleginnen und Kollegen entwickelten das SOEP zu einer der wichtigsten sozialwissenschaftlichen Infrastruktureinrichtungen weltweit. Dank seiner Initiative konnten direkt nach dem Fall der Mauer Menschen aus Ostdeutschland und Mitte der 1990er Jahre Aus- und ÜbersiedlerInnen in die Studie einbezogen werden.

Anfang 2011 wurde Gert G. Wagner in den Vorstand des DIW Berlin berufen, dessen Vorsitzender er zwei Jahre lang war. Die Leitung des SOEP übernahmen zunächst Dr. Joachim Frick und Prof. Dr. Jürgen Schupp gemeinsam. Nach dem Tod Joachim Fricks im Dezember 2011 war Jürgen Schupp Leiter, 2013 wurde er Direktor des SOEP und gleichzeitig Professor für Soziologie an der Freien Universität Berlin. Schupp und seine KollegInnen etablierten unter anderem erfolgreich ein Innovationspanel, erweiterten die Studie um psychologische Fragestellungen und vernetzten das SOEP verstärkt mit anderen Forschungsdateninfrastrukturen.

Stefan Liebig, Professor für Soziologie an der Freien Universität (bis 2018 Universität Bielefeld), löste Anfang 2018 Jürgen Schupp als Direktor der Infrastruktureinrichtung Sozio-oekonomisches Panel ab. Darüber hinaus übernahm er Gert G. Wagners Posten als Vorstandsmitglied des DIW Berlin.
Zusammen mit den Leitern eigener Bereiche im SOEP,  Dr. Jan Goebel (Forschungsdatenzentrum), Dr. David Richter (kommissarisch Surveymanagement), Prof. Dr. Carsten Schröder (Angewandte Panelanalysen, auch FU Berlin) und Jürgen Schupp bildet er das Direktorium des SOEP.

Finanziert wurde das SOEP nach Auslaufen der Finanzierung als Teilprojekt des Sfb 3 von 1990 bis 2002 als DFG-Einzelprojekt, seit 2000 mit einer Zusatzfinanzierung durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF).
Seit 2003 wird die Infrastruktureinrichtung SOEP als  Serviceeinrichtung, die „in erheblichem Umfang wissenschaftliche Infrastrukturaufgaben wahrnimmt“ unter dem Dach der Leibniz Gemeinschaft durch Mittel des Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und die Länder gefördert.

Die erste SOEP-Welle ging Anfang 1984 ins Feld, seitdem werden zahlreiche Haushalte in Deutschland Jahr für Jahr durch Infratest Sozialforschung (München) befragt. Zahlreiche Aufstockungen der Stichprobe und unzählige Anpassungen der Befragungsinhalte machen das SOEP heute zur größten und langandauerndsten Langzeit-Haushaltsbefragungen in Deutschland.