Das SOEP begann 1983 als Teilprojekt des von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) geförderten Sonderforschungsbereichs 3 (Sfb 3) „Mikroanalytische Grundlagen der Gesellschaftspolitik", der an den Universitäten Frankfurt/Main und Mannheim angesiedelt war. Leiter des Projektes war bis 1988 Prof. Dr. Hans-Jürgen Krupp, der als Mitglied im Sfb 3 und Präsident des DIW dem SOEP am DIW Berlin eine Heimat gab. Nachdem Hans-Jürgen Krupp das Amt des Wirtschaftssenators der Freien und Hansestadt Hamburg übernommen hatte, übernahm Prof. Dr. Wolfgang Zapf (ebenfalls Sfb 3 und WZB) für ein Jahr interimistisch die Leitung des SOEP. Im Jahr 1989 übernahm Gert G. Wagner die Leitung. Während seiner Tätigkeit für das SOEP war er an verschiedenen Universitäten Hochschullehrer, seit 2002 ist er Lehrstuhlinhaber an der Technischen Universität Berlin. Anfang 2011 wurde er in den Vorstand des DIW Berlin berufen, den er zwei Jahre als Vorsitzender leitete.  Die Leitung des SOEP übernahmen zunächst Joachim Frick und Jürgen Schupp gemeinsam. Seit dem Tod Joachim Fricks im Dezember 2011 ist Jürgen Schupp Leiter des SOEP; seit 2013 als Direktor und Universitätsprofessor an der Freien Universität Berlin. Stellvertretende Direktoren und Leiter eigener Bereiche sind Dr. Jan Goebel, Prof. Dr. Martin Kroh (auch Humboldt-Universität zu Berlin) und Prof. Dr. Carsten Schröder (auch FU Berlin)..

Von 1990 bis 2002 wurde das SOEP als DFG-Projekt gefördert, seit 2000 mit einer Zusatzfinanzierung durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF). Seit dem Jahr 2003 ist es auf Beschluss der Bund-Länder-Kommission für Bildungsplanung und Forschungsförderung (BLK, jetzt Gemeinsame Wissenschaftskonferenz - GWK) in die institutionelle Förderung durch Mittel des Bundes und der Länder aufgenommen.

Die erste SOEP-Welle ging Anfang 1984 ins Feld, seitdem werden zahlreiche Haushalte in Deutschland Jahr für Jahr durch Infratest Sozialforschung (München) befragt. Zahlreiche Aufstockungen der Stichprobe und unzählige Anpassungen der Befragungsinhalte machen das SOEP heute zur größten und langandauerndsten Langzeit-Haushaltsbefragungen in Deutschland.